Κύριοι στόχοι της ΕΑΕ είναι:
α) η ολόπλευρη και αρμονική ανάπτυξη της προσωπικότητας των μαθητών με αναπηρία και ειδικές εκπαιδευτικές ανάγκες,
β) η βελτίωση και αξιοποίηση των ικανοτήτων τους και δεξιοτήτων τους.
γ) η αντίστοιχη προς τις δυνατότητές τους ένταξη στην κοινωνική ζωή και στην επαγγελματική δραστηριότητα.
δ) η αλληλοαποδοχή, την αρμονική συμβίωσή τους με το κοινωνικό σύνολο και την ισότιμη κοινωνική τους εξέλιξη.